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本书共分为十六章，分属于三大部分，第一部分为基础知识，包括概述、微阵列基因芯片制备和检测技术以及统计学基础；第二部分内容是数据处理方法，包括实验设计、图像的获得和数据的前处理、数据的预处理和归一化、差异表达基因分析、芯片数据的可靠性分析、聚类分析和可视化以及微阵列实验中的分类方法；第三部分主要是与数据挖掘和应用相关的内容，包括微阵列技术的标准化、基因芯片数据的基因注释和功能分析、系统生物学及基因调控网络、基因芯片技术的应用——从基因筛选到临床诊断、主要数据分析软件的介绍和展望。

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……在双色荧光系统中，通常Cy5标记实验组样本，Cy3标记对照组样本，用Cy5/Cy3的值来衡量基因的表达差异，也称为表达差异值，有人把它简称为DE值。……理论上讲，如果某基因试验样本中信号值等于对照组中的信号值，即比值等于1，就显示该基因在两种状态下表达不存在差异；如果不等于1，则表明基因表达有差异。小于1表示基因表达下调，大于1表示基因表达上调。……为了避免噪音的干扰，找到真实的结果，必须通过各种筛选方法确定不同基因筛选的阈值。这个阈值是可以固定的，也可以是根据总体数据情况相应变化的。

基因表达谱芯片在药物研究中的应用具体表现在以下几个方面。

1.比较正常不同组织细胞中基因的表达模式

2.研究正常组织和病理组织基因的表达差异

3.建立模式生物细胞中的基因表达模型

4.建立病原体基因的表达模型

5.研究药物处理后细胞基因的表达变化

书籍介绍

本书共分为十六章，分属于三大部分，第一部分为基础知识，包括概述、微阵列基因芯片制备和检测技术以及统计学基础；第二部分内容是数据处理方法，包括实验设计、图像的获得和数据的前处理、数据的预处理和归一化、差异表达基因分析、芯片数据的可靠性分析、聚类分析和可视化以及微阵列实验中的分类方法；第三部分主要是与数据挖掘和应用相关的内容，包括微阵列技术的标准化、基因芯片数据的基因注释和功能分析、系统生物学及基因调控网络、基因芯片技术的应用——从基因筛选到临床诊断、主要数据分析软件的介绍和展望。